Základom jeho prírodného liečiteľstva bola hydroterapia, ktorú už pred ním úspešne aplikoval v Čechách Vincenz Priessnitz. Jeho bavorský súčasník svojim pacientom, okrem iného, ordinoval liečivé bylinné preparáty, ktoré sa pod značkou Kneipp vyrábajú dodnes.
Metóda Sebastiana Kneippa, ktorý si v mladosti sám vodoliečbou zastavil tuberkulózu, spočívala v komplexnom prístupe k starostlivosti o zdravie. Popri hydroterapii zahŕňala telesné cvičenia, správnu výživu, vrátane celozrnných potravín, fytoterapiu (na tento účel sa spojil s lekárnikom Leonardom Oberhäusserom) a v neposlednom rade duševnú pohodu.
Čítajte aj Veda: Jeden z najdlhšie trvajúcich vedeckých experimentov na svete opäť vyklíčil
O svojich postupoch vydal Kneipp dve knihy – Moja vodná kúra a Tak máte žiť, ktoré boli preložené do viacerých jazykov. Prvú časť vydal v roku 1888, teda už dva roky po prvom nemeckom vydaní, pod názvom Liečenie vodou učiteľ František Studený v benediktínskom kláštore v Brne.
Kneipp zomrel 17. júna 1897 v nemeckom Bad Wörishofen. Z tejto kedysi bezvýznamnej dedinky sa práve vďaka Kneippovi stali svetoznáme kúpele.