Do dejín však vstúpila ako jeden z najvražednejších nástrojov zvrátenej nemeckej politiky počas druhej svetovej vojny, ktorá pod obchodným názvom Zyklon B slúžila Nemecku k masovému vraždeniu vo vyhladzovacích táboroch. Prvý pokus sa smrtiacim plynom sa uskutočnil 3. septembra 1941 v nacistickom vyhladzovacom tábore v Osvienčime.
Čítajte aj V JAR objavili nový variant koronavírusu, ktorý je znepokojujúci počtom mutácií
Pri prvom pokuse bolo v Osvienčime otrávených 600 sovietskych vojakov a 300 poľských väzňov. Plyn, pôvodne vo forme modrých guličiek veľkosti hrášku nasypaných do utesnenej pivnice so zajatcami, vnikol ľuďom do pľúc a ochromil im centrum dýchania. Zomreli asi za 15 minút.
Nacisti našli spôsob, ako účinne a rýchlo likvidovať tisíce ľudí, náhodou. Zyklon B do Osvienčimu priniesla dezinfekčná firma, ktorá bola pozvaná kvôli epidémii škvrnitého týfusu, na hubenie vší. Po prvom pokuse na ľuďoch bola v Osvienčime zrejme už v septembri 1941 zriadená prvá plynová komora, v ktorej boli zabíjaní vojnoví zajatci. O mesiac neskôr začala výstavba tábora v Osvienčime, ktorý bol otvorený v marci 1942 a kde boli postavené štyri veľké plynové komory, zamaskované ako sprchy. V tých mohlo byť denne zavraždených až 6000 ľudí. Od začiatku roka 1942 boli plynové komory inštalované aj v ďalších nacistických vyhladzovacích táboroch, v Belzeku, Sobibore, Treblinke a Majdanku.
Čítajte aj Vedci objavili pozostatky dosiaľ neznámeho štvornohého predchodcu veľrýb
V plynových komorách potom do roku 1945 zahynuli takmer tri milióny ľudí, prevažne Židov. Koncom roku 1944 nacisti plynové komory a krematóriá zničili, pretože sa snažili pred postupujúcou Červenou armádou skryť stopy svojej vražednej mašinérie.